נקודת המוצא לכל עיון במקרא היא נוסח המסורה, שמייצגיו המובהקים הם כתבי היד העתיקים של המקרא, מעשה ידיהם של בעלי המסורה. כתבי היד האלה כוללים אלפי הערות מסורה גדולה ומסורה קטנה, ובהן מניינים של מילים ושל צירופים מן המקרא ותיאור הכתיב שלהם. יוסף עופר מסביר את דרך פעולתן של הערות המסורה, המוסרות מידע מקיף באופן קצר ויעיל, ומשמרות בכך את "נוסח המסורה" של המקרא לאורך דורות רבים ובכל תפוצות העם היהודי.

בספר מתוארים כתבי היד החשובים של המסורה ושיטות התיאור שלה בקביעת הכתיב המקראי ובעיצוב רווחי הפרשיות והשִירות. כמו כן נבחנת בו מידת יעילותם של מנגנוני המסורה ומידת הצלחתם בשימור הנוסח, והסבר מיוחד מוצע לתופעת הכתיב והקרי. הספר דן גם בהבדלים שבין המסורה של טבריה לזו של בבל, במעמדו המיוחד של כתר ארם צובה ובמסתורין האופף אותו. עוד נדונים הקשָרים שבין המסורה ובין תחומים אחרים המקיימים עמה מערכת של זיקות וניגודים: דקדוק הלשון העברית ופרשנות המקרא וההלכה. בנספח לספר מתוארים ספרים ותוכנות מחשב המהווים כלֵי עזר למחקר המסורה.
הספר המסורה למקרא ודרכיה מתבסס על מחקריו של המחבר ועל מחקריהם של גדולי חוקרי המסורה בדורות האחרונים, והוא כלי עזר נחוץ לכל המתעניין בנוסח המקרא ובהתגבשותו.