בשלהי שנת 2017 מתהפך עולמם של קבוצת ארכיאולוגים צעירים מהאוניברסיטה העברית בירושלים כשהם מגלים במדבר יהודה מערה חתומה מתקופת סוף המרד הגדול. אחד הממצאים הנחשפים בה הוא מגילה מסתורית בת אלפיים שנה. כך מתחיל מרוץ מטורף למציאת אוצרות
המקדש, שהוברחו מירושלים סמוך לחורבן בידי הרומאים — לפני שהארגון הסודי השומר עליו יצליח לחסל את כל העדויות, ואפילו את הארכיאולוגים עצמם.
"מגילת המדבר" הוא מותחן היסטורי מסחרר הנע בין ימינו לבין יהודה החרבה שלאחר תום המרד. סיפוריהם של החוקרים הצעירים מתמזגים באלה של אצילים ופשוטי עם, כוהנים ומצביאים. מתוך הממצאים הארכיאולוגיים והטקסטים העתיקים עולים סיפור אהבה בלתי אפשרי בין מורד קנאי לבתו של כוהן בכיר, חברות אמיצה של שני לוחמים מרקע מנוגד — מפקד המורדים וצעיר שומרוני, וקורותיו של קצין רומאי אכזר ושאפתן הנחוש לשים את ידו על האוצר. לתוך הקלחת נזרקים ארכיאולוגית חכמה, פרופסור טוב לב, רוצח מסתורי, איש שטח מחוספס, שוטר מושחת, בדואי נאמן, חוקרת מגילות נחושה, נזיר זקן וכת סודית, אשר נשבעה לשמור את הסוד קבור לנצח.
בידיים אמונות ובשפה קולחת מתובלים אלה בריחות המדבר, בתבשילים מקומיים, בעולם החי והצומח ובנופי המקום. זהו ספר מתח המבוסס על אירועים היסטוריים, אך רובו ככולו פרי הדמיון.